对刑事诉讼这两大程序价值关系的正确认识，涉及到对诉讼法地位和作用的正确定位、诉讼中人权保障的贯彻落实，以及刑事诉讼法治的最终实现。

　　首先，工具价值与独立价值相互依赖、不分主次，构成一个问题的两个方面。刑事诉讼的工具价值和独立价值（程序正义）是程序主体对刑事程序提出的两大目标和要求，也是人们评价刑事诉讼程序的两大基本价值标准。工具价值主要保障刑事实体目标的实现，而独立价值则确保那些其利益可能受到裁判结果直接影响的人获得公正的诉讼待遇，使其人格尊严得到尊重，保证诉讼程序公正、合理的进行。二者究其实质而言，是一种相互平行、独立的关系，构成一个问题的两个方面。且根据辩证唯物主义所阐释的本质决定表象的原理，作为刑诉程序内在、本质目标的程序正义相对于依赖外在实体目标的工具价值而言，更应具有决定意义。与此相联系，诉讼法与实体法的关系也不是传统所谓“手段和目的”、“形式与内容”的简单关系，而是既相互独立，又相辅相成，同在国家法制中占有重要的、不可相互替代的地位，它们各自有着独立价值和特点功用，都对实现依法治国起着重要的保障作用。

　　其次，针对我国国情应把实现程序正义作为刑事诉讼法治的首要目标。长期以来，受我国传统法律思想的影响，“重实体、轻程序”的现象普遍存在于法制建设的各个层面。如立法上，修改后的《刑事诉讼法》仍然在第1条开宗明义地将“为保证刑法的正确实施”作为制定刑事诉讼法的唯一宗旨，丝毫未涉及刑事诉讼法在实现程序正义方面的作用。执法上，刑事诉讼中轻视程序的现象更为严重：刑讯逼供、非法搜查、扣押，超期羁押，变相拘禁，先定后审，非法限制、妨碍律师履行辩护职责，随意侵犯诉讼参与人的合法权益等做法屡禁不止，甚至愈演愈烈，严重损害了刑事司法的公正，造成恶劣的影响。守法上，普通公民，特别是很多国家公务员、官员的“程序意识”极为淡薄，认为遵守法律就是遵守实体法，违反程序不算是违法。

　　上述这些忽视刑事诉讼法的内在独立价值，单纯把刑事诉讼法作为实施刑法的手段和工具等错误认识和做法，助长了刑事诉讼法治建设中的功利主义，导致执法上的非法专断和随心所欲，妨碍了诉讼中的民主建设和人权保障，为恣意的“人治”创造了理想的温床。所以，为了在刑事诉讼中切实贯彻“依法治国”的基本方略和联合国的人权准则，彻底根除“重实体、轻程序”的现象，应当把实现刑事程序正义，凸显刑事诉讼程序的内在、理性特征作为当前的首要任务和目标。

　　程序正义是刑事诉讼程序本身固有的一种过程性、复合性的价值目标，它对刑事诉讼活动提出了若干独立于结果公正的正义标准，这些标准的实现对于贯彻刑事诉讼法治和联合国人权准则有以下推动作用：

　　第一，程序正义有利于防止国家权力异化，避免人治在诉讼中膨胀。程序正义的独立性决定了国家专门机关绝不能为了追求惩罚犯罪而不择手段，违反诉讼程序的公正标准和原则，而必须在严格遵守公正程序的过程中实施刑法，实现国家刑罚权。

　　第二，程序正义有利于增强诉讼中的民主和人权保障。程序正义的重要作用在于确保诉讼参与人，尤其是与案件结果有利害关系的当事人，在诉讼中受到公正的待遇并享有与国家专门机关平等的诉讼地位，使他们能充分参与诉讼的全过程，并对程序结果产生积极、有效的影响，个人合法权益受到法律应有的保护。程序正义的这一功能，规制了司法权力的正当行使，弘扬了诉讼中的民主，保障了诉讼中的人权，让社会公众切实感受到法律的正义与公正，维护了法律的权威。

　　第三，程序正义自身体现了一国司法制度的公正与否，成为衡量刑事诉讼法治乃至国家法治程度的标准。刑事诉讼不仅仅是一种认识案件客观事实的活动，还是一个程序价值的选择和实现过程。程序正义的基本精神就在于它选择了程序本身的独立价值，从而使刑诉程序呈现出公正、民主和法治的特性，使诉讼活动理性化。从这一意义上说，程序正义自身体现着一个国家司法制度的公平与正义。同时法治和诉讼中的人权保障取决于一定形式的正义程序，一个国家和人民共同遵从程序的状态和程度是衡量该国法治程度和人权状况的标准。