（1）检察权究其实质而言，是一种行政权。

　　现代国家和法的理论认为，“行政是国家利益（权力）的代表”， 是国家权力的执行者，具有主动性、单方性、强制性；而“司法是权利的庇护者”， 是对国家权力行使是否得当或国家权力与公民个人利益发生冲突以及公民之间纠纷的裁判者，司法权是解决社会冲突或纠纷的最高权力和最后手段，具有不同于行政权的被动性、中立性、终极性，是维护社会正义的最后防线。二者有着本质的区别，不能互相混淆。因此，“司法不仅不能与行政共存于同一机关中，而且也不可以隶属于行政；司法不依赖于行政！司法的任务是通过其判决确定是非曲直，判决作为一种‘认识’，不允许在是非曲直上用（行政）命令插手干预。” 这是司法必须与行政分离、必须独立于行政的理论基础。

　　人民检察院依法行使检察权，它行使这一权力的目的和作用在于维护国家利益，代表国家惩治犯罪，实现国家对社会的管理和社会正常秩序的维护。在刑事诉讼中，人民检察院是诉讼程序的开启者，其本身是国家与公民个人之间最严重的利益冲突的一方，具有追诉的倾向性，主动性，它行使的检察权根本不同于人民法院的审判权。因为一切审判都是解决社会冲突的活动，而且其本质特征又在于由超然于冲突各方之外或之上的审判权而非冲突主体来解决社会冲突。 所以根据行政权与司法权的本质区别以及我国检察权的实质，可以看出，检察权与审判权有着与生俱来的不同，检察权在根本属性上是一种行政权，人民检察院理应属于国家行政机关。

　　从世界各国的体制来看，大多认为“检察官本质上是行政官，只有法官才是司法官” .并且检察机关的设置，一般也都属于行政机关的一部分。如英国实行审、检分署制度，在中央设法律事务部（又称“总检察署”），该部的首脑称总检察长和副总检察长，由首相从该党的下议员中提名任命，但不属于内阁成员；美国的检察机关是隶属于政府的行政机关，联邦称其为司法部；法国在司法部下设总检察署；日本的检察厅作为行政厅，以法务大臣为首长，从属于法务省。

　　可见，我国的“双司法机关平行制”既无充分的理论基础，也无除前苏联以外的更多实例可循。

　　（2）“双司法机关平行制”违背权力制衡理论。

　　“一切有权力的人都容易滥用权力，这是万古不易的一条经验。” 十八世纪法国启蒙思想家孟德斯鸠提出了著名的“三权分立”学说和系统的权力制衡理论，为西方国家权力机制的划分和司法独立原则奠定了基础。“三权分立”学说的精髓和核心是“权力制衡”，分权仅仅是一种途径或手段，制衡才是其追求的终极目的，因为“权力的集中意味着最大的暴行”。三权分立正是通过对国家权力行使主体的科学、慎密分工，来达到“以权力制约的权力”的目的，因此西方分权学说中“权力制衡”的基本理念不但可以而且应当适用于我国。

　　国家职权的可分性和“权力制衡”理念以及司法权的专有属性，都决定了司法权必然是独立的，在西方它独立于立法权和行政权，在我国主要指独立于行政权。由于检察权实质上是行政权，检察机关应当是国家行政机关的组成部分，因此我国现行“双司法机关平行制”违背了国家权力运作的权力制衡理论，可能导检察权膨胀或异化而妨碍国家权力整体的正常运作，特别是对司法独立造成伤害。

　　（3）“双司法机关平行制”违背诉讼职能区分原则和“三方组合”的应然诉讼结构。

　　诉讼职能区分，尤其是控、审职能的分离，是刑事诉讼历史演变的必然要求，也是当代刑事诉讼文明、科学的重要标志。而“双司法机关平行制”使得人民检察院在刑事诉讼中“身兼数任”，尤其是作为冲突主体一方、行使追诉权的检察机关竟然有权对负责最终解决冲突的审判机关施以监督和制约，这就使得控诉权在一定程度上与审判权混淆甚至凌驾于审判权之上，从而与诉讼职能区分的基本要求相违，使刑事诉讼背离了诉讼发展的自身规律而具有浓厚的行政化色彩。