中华书局将其出版的“二十四史”和《清史稿》与“二十五史”全文检索阅读系统进行了比较。由于“二十四史”和《清史稿》的内容过多，中华书局采取的比较方法是：将有关学者针对“二十四史”和《清史稿》提出的、且被记载于1990年10月第1版《古籍点校疑误汇录》中疑误内容与“二十五史”全文检索阅读系统进行比较，如有与疑误内容不相符之处，再与相关版本进行比对。比较的结论为：有关学者提出的疑误之处，中华书局尚未再版的，“二十五史”全文检索阅读系统的相关内容与原版本相同；中华书局再版时予以修订的，“二十五史”全文检索阅读系统的相关内容与修订后的内容相同。“二十四史”和《清史稿》中的校勘记部分，“二十五史”全文检索阅读系统和该系统网络版均未载入。

    2003年12月18日，长安公证处出具（2003）长证内经字第6650号公证书，该公证书记载了公证员根据中华书局的申请对互联网上的文件进行证据保全的过程，其步骤为：进入互联网（网址：//www.notionsoft.com）主页，双击主页面上的“全国第一个网上二十五史检索系统”进入下一个页面，单击该页面上“阅读”进入栏目浏览，以后便可分别进入如“史记”、“汉书”、“后汉书”等主页面，进行浏览。对上述过程，公证人员全程录像。2004年9月15日，原审法院对该公证书所附的录像带进行勘验，索易公司认可录像带中的可视内容真实，点击的网页确实是索易公司的，录像带显示的“二十四史”和《清史稿》与索易公司制作的“二十五史”全文检索阅读系统的内容一致，但只是其中的一部分内容，不是全部。

    关于赔偿数额的计算，中华书局主张：销售“二十五史”全文检索阅读系统以2000套计算，共计200万元，扣除成本后利润为187.9万元，作为因侵犯中华书局著作权所获得的利润，应由索易公司和天津电子出版社共同承担赔偿责任；销售“二十五史”全文检索阅读系统网络版以50套计算，共计99万元，扣除成本后利润为85万元，作为因侵犯中华书局著作权所获得的利润，应由索易公司和天津电子出版社共同承担赔偿责任；索易公司侵犯中华书局信息网络传播权的赔偿额酌定为25万元，由索易公司承担；此外，中华书局为制止侵权支付的合理支出为10090元，由索易公司和天津电子出版社共同承担。