1998年9月25日，北海办事处向人保北海分公司缴付保险费4万元。1999年1月19日1930时，“南京”轮在上海港黄浦江董家渡附近江面行驶中，因舵机失灵，碰撞上海港煤炭装卸公司所属北栈码头及“煤司拖1”、“煤司拖2”、“煤司拖3”三艘拖轮，致使码头上游22米段扭转移位达30公分，码头桩接点严重破损，门机P50重型钢轨断裂，“煤司拖1”、“煤司拖2”、“煤司拖3”号拖轮受挤压，缆绳断裂。事故中，“南京”轮还碰撞了附近的“浙余杭01463”、“浙余杭01192”、“浙余杭00091”、“浙余杭00696”、“浙德清01110”、“浙江平湖挂3070”等六艘船舶。

    1999年1月21日，“南京”轮船长向上海港务监督递交海事声明，称：1999年1月19日1855时，船舶经过董家渡，此处航道弯度大，落潮流速快，向凹岸侧流压很大。当时船舶顺航道中央走，车速前进二，发现船首左偏，下令右满舵，船首仍左偏，此时发现舵机失灵，有舵角无舵效（后经查是油路即时供应不上引起）。1918时下令停车，抛下双锚，后退三，船舶仍无法控制。1920时，船首擦过停靠在码头的驳船，船舶撞向上海港中华北站码头。同日，人保北海分公司职员陈义签收了北海办事处提交的关于“南京”轮发生海事事故的船舶保险出险通知书。后人保北海分公司派人到上海勘察。2000年2月8日，北海办事处向人保北海分公司的帐户转入5.3万元。2月10日，北海办事处函告人保北海分公司：2月8日所转之款为“南京”轮保险费余额。2月14日，人保北海分公司将5.3万元退回北海办事处。

    经上海港务监督董家渡监督站主持调解，1999年1月28日，北海办事处赔偿“浙余杭01463”轮船舶所有人4739元、“浙余杭01192”轮船舶所有人15，250元、“浙余杭00091”轮船舶所有人7734元、“浙余杭00696”轮船舶所有人8114元、“浙德清01110”轮船舶所有人3180元、“浙江平湖挂03070”轮船舶所有人39，236元，总计77，253元。

    1999年2月8日，上海港煤炭装卸公司向上海海事法院提起诉讼， 要求南京公司、锦程公司赔偿因船舶碰撞所造成的经济损失290万元。上海海事法院经审理认为，南京公司所属的“南京”轮，由于驾驶未克尽职责，致使船舶碰撞北栈码头及拖轮，南京公司应对碰撞事故承担全部责任。1999年12月13日，上海海事法院依照《中华人民共和国民法通则》第一百一十七条、《中华人民共和国海商法》第一百六十八条的规定，判决南京公司赔偿上海港煤炭装卸公司码头损失250万元、企业营运利润损失40万元、码头损失评估鉴定费12万元、并承担案件受理费24，510元。该判决已发生法律效力。