杨世基的上诉理由是：一审判决在主体认定上严重错误，杨世基实际是被告，但却作为第三人，剥夺了杨世基应有的基本诉讼权利；一审判决关于诉讼时效的认定严重错误，本案是确权诉讼，不能适用侵权诉讼诉讼时效的司法解释适；一审判决根据杨世基的论文、涉案专利申请公开说明书和专利公开说明书认定涉案专利是应用蓝派公司的技术得出的违背常理，蓝派公司无证据证明其有冲击压实技术供杨世基应用，且在杨世基申请专利之前，国内已经有大量文献及专利，提供了类似设备。一审判决认定涉案专利即为《备忘录协议》约定的试验成果违反最高人民法院关于举证责任的规定；认定杨世基与北京欣路特公司签订的《技术转让协议》中有关涉案专利申请权的转让条款属于无效条款，没有任何法律依据；本案存在严重的程序问题，一审法院曾通知要依职权调查取证，但却突然宣判。蓝派公司请求的是职务发明专利权属争议，但一审判决判定的是技术合同专利权属纠纷，超出了蓝派公司的诉讼请求的范围。请求本院撤销一审判决；驳回蓝派公司一审全部诉讼请求；一、二审诉讼费用全部由蓝派公司承担。

    蓝派公司服从一审判决。

    经审理查明，杨世基于1998年11月30日向中华人民共和国国家知识产权局提出名称为“冲击碾压增补路基强度与稳定”的发明专利申请，该专利申请于1999年4月21日被公开。该专利申请公开的权利要求是：

    冲击碾压已成路基是提高路基强度与稳定，加快公路建设，确保工程质量的一种创新技术。其要点是采用25KJ高能量冲击压实机，在已完成的路基上进行冲击碾压的连续作业，随着冲击碾压的连续作业，随着冲击碾压遍数的增加，使路基由上至下碾压而增加密实度，形成厚1.0-1.5m的加固层，完成优质路基的强度与稳定性要求。

    冲击式压实机作业时，在半空间表面上竖向冲击能传给地基的能量是由压缩波（P波）、剪切波（S波）和瑞利波（R波）联合传播的。压缩波的质点运动是属于平行于波阵面方向的一种推拉运动，它使土粒错位；剪切波的质点运动引起和波阵面方向正交的横向位移；而瑞利波的质点运动则是由水平和竖向分量所组成。剪切波和瑞利波的水平分量使土颗粒间受剪，可使土得到密实。其冲击压实功能反映的击实标准大于目前国际上修正葡氏击实标准，所产生的高能量冲击功能使路基进一步密实坚固稳定，施工快速均匀，省工省时，大大降低工程费用。

    2000年2月28日，北京欣路特公司与杨世基签订《技术转让协议》，杨世基将包括“冲击碾压增补路基强度与稳定”发明专利申请在内的技术转让给北京欣路特公司。2001年7月4日，“冲击碾压增补路基强度与稳定”发明专利申请的申请人由杨世基变更为北京欣路特公司，并在国家知识产权局进行了著录事项变更手续。