世纪百合公司否认抄袭事实，道亨兴业公司与世纪百合公司就世纪百合公司是否使用了道亨兴业公司的软件，以及使用量多少等问题不能达成共识，双方一致同意委托国家版权保护中心鉴定委员会就涉案软件进行鉴定，并就世纪百合公司因复制销售涉案软件的情况委托北京中润华会计师事务所进行审计。道亨兴业公司、世纪百合公司确认鉴定的软件版本是：世纪百合公司方面以公证获取版本和一审法院查封的版本为准，时间限定于2005年5月18日起上溯半年内的版本，道亨兴业公司方面以2003年12月以前道亨台阶基础软件和道亨柔性基础软件版本，以及2004年12月以前SLCAD线路软件和SLDWP系统软件版本为准，同时双方认可一审法院对国家版权保护中心鉴定委员会委托函所记载的内容。

    2005年11月10日，国家版权保护中心鉴定委员会出具鉴定报告，鉴定结论为：1、两公司软件界面和菜单定义不相同；2、两公司软件相同的源程序约为6470行，其中世纪百合公司SDCAD柔性基础软件与道亨兴业公司道亨柔性基础软件约有5800行相同，占世纪百合公司源程序的63％，世纪百合公司SDCAD自动优化软件与道亨兴业公司SLDWP系统软件约有670行相同，占世纪百合公司源程序的30％；3、两公司软件部分源程序存在对应关系的约有590行，其中世纪百合公司SDCAD刚性基础软件与道亨兴业公司道亨台阶基础软件相比存在约560行对应关系，世纪百合公司SDCAD线路软件与道亨兴业公司SLCAD线路软件相比存在约30行对应关系；4、两公司软件存在部分相似变量，其中世纪百合公司SDCAD刚性基础软件与道亨兴业公司道亨台阶基础软件相比，世纪百合公司SDCAD线路软件与道亨兴业公司SLCAD线路软件相比均存在部分相同变量和相近似程序段；5、两公司软件存在道亨兴业公司指出的特征字符串，其中世纪百合公司SDCAD线路软件与道亨兴业公司SLCAD线路软件相比、世纪百合公司SDCAD自动优化软件与道亨兴业公司SLDWP系统软件相比存在道亨兴业公司指出的特征字符串；6、两公司软件数据库中存在9个含有相同或相似字段名的数据表。世纪百合公司软件总行数：SDCAD刚性基础软件为7960行；SDCAD柔性基础软件为9206行；SDCAD线路软件为68004行；SDCAD自动优化软件为2233行。

    针对上述鉴定报告，道亨兴业公司主张：一、柔性基础部分图形平台源代码遗漏未比；二、灌注桩基础部分的图形平台源程序也应比较；三、孤立文档部分的两个函数和两个定义未出结果；四、未全面对比“孤立文档计算”部分源程序。世纪百合公司主张：一、对比柔性基础源程序时，鉴定机构所选用的道亨兴业公司方面的对比软件是2005年6月28日的文件，超出当事人双方确定的以2003年12月以前生成文件为准的范围。既然道亨兴业公司软件时间晚于世纪百合公司，世纪百合公司有权怀疑道亨兴业公司反抄袭了世纪百合公司的软件；二、柔性基础源程序总行数统计有误，Bin目录文件下的源程序未计入在内；三、对比自动优化定位软件部分超出法院委托鉴定范围；四、仅对比数据库结构字段，未对比类型和字段大小。国家版权保护中心鉴定委员会对道亨兴业公司的主张答复如下：经核实后发现道亨兴业公司所述一情况属实，属于遗漏未比。所述二没有发现世纪百合公司的柔性基础软件中有此内容，世纪百合公司的灌注桩基础设计软件是个独立软件，该软件并非双方议定的鉴定内容，不属于法院委托鉴定事项。所述三在原鉴定中已给出部分存在相近似的程序段结论。所述四双方当事人提供用于鉴定的版本中均无此内容，鉴定人无从鉴定。所述五鉴定结论中已指出了世纪百合公司的SDCAD线路软件存在道亨兴业公司指出的此类字符串的事实。国家版权保护中心鉴定委员会对世纪百合公司的主张答复如下：所述一的情况是，鉴定人在对比柔性基础源程序时，发现道亨兴业公司提交的版本名称Rjcl_Cal.cpp软件的生成时间为2005年6月28日17:51，但该软件存在一个同名备份文件：Rjcl_Cal.～cpp，生成时间为2002年8月8日12:19，经将两版本对比，均为5500多行，仅在第12行上Rjcl_Cal.cpp文件比Rjcl_Cal.～cpp文件多一行，除此之外内容完全相同，产生这种现象的惯常原因是2002年8月8日Rjcl_Cal.cpp文件即已存在，其内容与Rjcl_Cal.～cpp文件一致，2005年6月28日道亨兴业公司修改该软件，电脑同时生成了备份文件Rjcl_Cal.～cpp 。两文件内容如此相同，如果世纪百合公司的这一软件被查封在法院，道亨兴业公司反抄世纪百合公司软件的可能性已微乎其微，除非道亨兴业公司有机会接触到世纪百合公司软件，并有超常记忆软件内容的能力以实现反抄袭，否则应属不可能。所述二、三Bin目录下被告的源程序是其全部程序的公共部分，此程序可供刚性、柔性软件共同调用，确实属于软件内容，应计入行数统计范围，但因属于公共调用部分，在行数计算时如果分别计入各软件势必造成重复计算，怎样计算需先听取当事人意见。所述四SDCAD自动优化软件属于法院委托鉴定范围内容之一，因世纪百合公司软件中存在这一内容，而且属于架空送电系统的一个外挂模块，鉴定人应予对比鉴定。所述五因两软件采用的数据库系统不同，因此定义类型表达方式也不同。故鉴定报告中仅对两数据库中相同部分即字段名予以列明。一审法院打印出源程序记录进行核实，Rjcl_Cal.cpp文件比Rjcl_Cal.～cpp文件多第12行，Rjcl_Cal.cpp软件的生成时间为2005年6月28日17:51，Rjcl_Cal.～cpp软件的生成时间为2002年8月8日12:19。