道亨兴业公司、世纪百合公司均同意由国家版权保护中心鉴定委员会作补充鉴定，国家版权保护中心鉴定委员会也认可该补充鉴定的必要性，但道亨兴业公司、世纪百合公司对于世纪百合公司Bin目录下公共调用部分源程序如何计算行数问题无法达成共识，国家版权保护中心鉴定委员会确定以折中方案予以计算，即Bin目录下文件为全部世纪百合公司程序中的公共部分，该部分文件中有9个文件，共计4575行源程序由柔性基础软件和刚性基础软件共同调用，另1个文件共计55行源程序仅与柔性基础软件有调用关系，因此若该部分源程序计入柔性基础软件源程序总量时，应考虑9个文件存在共同被调用问题，计入量应为4575行/2＋55＝2343行。世纪百合公司反对道亨兴业公司要求比对灌注桩基础部分的图形平台源程序，理由是该部分内容超出本案审理范围，也未及应诉与证据准备。

    2005年12月5日，国家版权保护中心鉴定委员会更正原鉴定结论：变更原鉴定结论2为两公司软件基本相同的源程序约为9070行，其中世纪百合公司SDCAD柔性基础软件与道亨兴业公司道亨柔性基础软件基本相同的源程序为8300行，约占世纪百合公司SDCAD柔性基础软件源程序总行数的41％；世纪百合公司SDCAD自动优化软件与道亨兴业公司SLDWP系统软件基本相同的源程序为670行，约占世纪百合公司SDCAD自动优化软件源程序总行数的30％；世纪百合公司SDCAD线路软件与道亨兴业公司SLCAD线路软件基本相同的源程序为100行，约占SDCAD线路软件源程序总行数的1.5‰，其余1、3、4、5、6结论不变。该鉴定结论还更正世纪百合公司柔性基础软件图形平台部分增加源程序总量为8641行，SDCAD柔性基础软件源程序总行数为9206＋2343＋8641＝20189（行），其余三软件源程序总行数不变。

    道亨兴业公司、世纪百合公司共同认为涉案铁塔基础工程测算一般按刚性（多台阶基础，少钢筋）、柔性（单[少]台阶基础，多钢筋）、灌注桩（柱状基础）测算分类，且刚柔性测算又与灌注桩测算方法迥然不同。

    在一审法院审理过程中，世纪百合公司为证明被控侵权软件属于其独立开发完成的软件，提交了其《计算机软件著作权登记证书》、《电力线路设计系统操作手册》、《SDCAD软件操作手册》、《铁塔刚性基础软件详细设计说明书》、《铁塔柔性基础软件详细设计说明书》、《SDCAD系统设计说明书》，其中《计算机软件著作权登记证书》显示，软件名称为“电力线路测量设计CAD软件V2.0版”，著作权人为世纪百合公司，首次发表时间为2004年12月30日。